Допустим, у вас есть ряд сущностей описанных через yml, однако, но вдруг приспичило описывать свои сущности аннотациями. Не переделывать же всё вручную? Сначала нужно удалить старые версии сущностей:
rm -rf app/current/src/TestBundle/Entity
Теперь нужно выполнить конвертацию.
php bin/console doctrine:mapping:convert --env=prod --force annotation ./src/
После чего сгенерировать геттеры и сеттеры:
php bin/console doctrine:generate:entities --env=prod TestBundle
Теперь можно удалить оригинальные и более не нужные yml файлы:
rm -rf app/current/src/TestBundle/Resources/config/doctrine/