Весь stdout контейнеров докер бережливо сохраняет в файлики. По-дефолту эти логи никак не ротируются и копятся до тех пор, пока не закончится место на диске. Если неизбежное произошло, можно элегантно освободить место на диске следующей командой:
truncate -s 0 /var/lib/docker/containers/*/*-json.log