Для начала создаем файл скрипта.
Затем на панели дебага выбираем пункт “Edit Configurations…”
В открывшемся окне добавляем конфигурацию “PHP Script”. Указываем название конфигурации, путь к файлу, который создали выше и в аргументах не забываем написать команду run
Дальше как обычно.