Устанавливаем, если ещё нет
sudo apt-get install fdupes
Ищём и удаляем
fdupes -r -d -N /path/to/dir
При данных опциях fdupes рекурсивно (-r) в директориях ниже заданной (/path/to/dir) удалит (-d) все дубликаты ВСЕХ файлов, не переспрашивая на каждом файле (-N).