Рассмотри несколько способов получения разницы между двумя датами заданных в разных форматах. Начнём с обычной строки и функции strtotime:
$diff = strtotime('2009-10-05 18:11:08') - strtotime('2009-10-05 18:07:13');
Если вы для работы дат используете класс DateTime, то попробуйте такой код:
$date = new DateTime('2009-10-05 18:07:13');
$date2 = new DateTime('2009-10-05 18:11:08');
$diff = $date2->getTimestamp() - $date->getTimestamp();
Как видите, в обоих вариантах сначала из дат получается timestamp, а затем вычитается один из другого. Таким образом, можно одновременно использовать оба варианта в одном выражении.